遇到问题解决问题monocle2版本问题此前我们给大家做了一系列monocle的教程用于帮助大家完成拟时序分析虽然是边做边骂monocle语法差、bug多、版本不兼容但是monocle从计算效率和效果上来看仍然是市面上最优秀的拟时序分析软件之一。当然如果你问还有没有其他的拟时序分析软件答案是当然有啦。我们还给大家准备了一文学会四种scRNA-seq轨迹分析供大家任意选择。目前从大家的反馈上来看orderCells这个函数由于版本问题出现bug的频率最多此前我们已经给大家出了一个推送解决版本问题(答读者问十八、一个我至少被问过30遍的monocle报错)但是仍有同学不会安装相应的版本这里我们也提供一种更简单的修改源码方法并且经验证后确定有效。1报错界面2原因① monocle2的版本问题比如2.21.1的版本可能会遇到这个报错② igraph版本过高在2.1.0及以上的igraph会有这个问题和monocle2的内置函数nei所要求的版本不一致3解决办法① 针对monocle2的版本问题大家可以参考解决monocle2的orderCells报错的两种方法推文安装指定版本的monocle2或者是修改修改orderCell函数以解决以上问题② 针对igraph可以尝试安装2.1.0以下版本当然还有一种更直接的好办法之前我们对Biomamba的单细胞分析环境大公开里面包含了我们单细胞分析过程中基本上绝大多数我们会使用到的包经过我们的验证在该环境中的monocle是不会出现以上问题的。推荐大家按照我们该环境中的monocle版本而且该环境可以配合scRNA-seq数据分析小白全程班食用。